店舗併用住宅とは居住用と店舗用が一緒になっている家屋をいいます。この店舗併用住宅を売ったときに、居住用財産を譲渡した場合の3,000 万円の特別控除の特例を受けることができるのは、店舗併用住宅のうち居住の用に使っていた部分に限られます。

ただし、居住の用に使っていた部分が全体の90％以上であるときは、全体を居住の用に使っていたものとしてこの特例を受けることができます。

（居住用部分の床面積Ａ）＋（居住用と居住用以外との併用部分の床面積Ｂ）×Ａ／（Ａ＋居住用以外の部分の床面積）＝家屋のうち居住の用に供している部分

（土地等のうち居住用部分の面積）＋（土地等のうち居住用と居住用以外との併用部分の面積）×（イで算定した居住の用に供している部分の面積）／（家屋の床面積）＝家屋の敷地のうち居住の用に供している部分

個人がこの店舗併用住宅を売って譲渡所得が生じ、代わりに同じ種類の店舗併用住宅に買い換えた場合で一定の要件に当てはまるときは、居住用部分については居住用財産を売ったときの3,000 万円の特別控除の特例や居住用財産を買い換えたときの特例などの特例を受けることができ、店舗用部分については事業用資産を買い換えたときの特例を受けることができます。

なお、どちらか一方の用途の使用割合が建物全体の90％以上になっている場合には、その用途に全体が使われていたものとして、対応する特例を受けることもできます。